- Centre de référence des anomalies vertébrales et Spina-Bifida
- Centre de référence Maladies rares à expression psychiatrique
- Centre de référence Hernie de coupole diaphragmatique
- Centre de référence Affections chroniques et malformatives de l’œsophage
- Centre de référence Maladies digestives rares
- Centre de référence Maladies héréditaires du métabolisme
- Centre Référent des Troubles du Langage et des Apprentissages (https://lenval.org/crtla/)
- Centre de référence Chiari et malformations vertébrales et médullaires rares
- Centre de référence Malformations ano-rectales et pelviennes rares
- Centre de référence Malformations rares des voies urinaires
- Centre de référence Maladies respiratoires rares
- Centre de référence Malformations ORL rares
- Centre de référence Syndromes de Pierre Robin et troubles de succion déglutition congénitaux
